Nach dem Ausstieg aus der Skinhead-Szene
In den späten achtziger Jahren war es recht ruhig um die Band. Die folgenden Alben handelten zwar anfangs noch immer von Alkohol und Gewalt, wurden textlich und musikalisch aber komplexer, trotz massiver Probleme bedingt durch die Alkohol- und Heroinabhängigkeit des Sängers Kevin, die nach der Tötung des besten Freundes der Band, Andreas „Trimmi“ Trimborn (am 16. Juni 1990), so sehr ausartete, dass er fast gestorben wäre.
1992 gelang ihnen ohne jedes Marketing mit dem Album Heilige Lieder der Einstieg auf Platz fünf der deutschen Charts. Trotz (oder gerade wegen) ihres immer größer werdenden kommerziellen Erfolgs – und der damit gesteigerten Aufmerksamkeit – war die Band durch den Vorwurf, sie sei neonazistisch, der ab den frühen 1990er Jahren gegen sie geäußert wurde, bis heute schwer belastet. Im Zuge verschiedenster rassistischer Übergriffe in dieser Zeit wurde verstärkt die Vergangenheit der Band in den Medien thematisiert, worauf sich die Onkelz mit einer massiven Kritik konfrontiert sahen, die unter anderem dazu führte, dass sich mehrere Radiosender und später auch Fernsehsender (MTV und VIVA) weigerten, Onkelz-Platten zu spielen. Große Verkaufshäuser wie Media Markt, World of Music (WOM) oder Saturn verkauften die Tonträger der Onkelz nicht.
Ende der 90er nahmen Media Markt und World of Music die Platten wieder in den Verkauf. In den folgenden Jahren brachten die Onkelz mehrfach ihre Ablehnung gegenüber „Extremismus jeglicher Art“ zum Ausdruck, nahmen an mehreren Rock gegen Rechts, sowie Rock gegen Gewalt-Konzerten teil und engagierten sich in sozialen Projekten. Die Band bezog Position als Außenseiter, die jede Art von Politik vehement ablehnt.
Die Band erwarb sich mit der Zeit eine große Fangemeinde. 1998 verkaufte sie von ihrem Album „Viva los Tioz“ innerhalb der ersten 48 Stunden nach Verkaufsstart über 300.000 Exemplare, womit sie zum ersten Mal Platz 1 der deutschen Charts erreichte.
Ein Höhepunkt der Kontroverse um ihre Vergangenheit war der 8. August 2003 , als die Böhsen Onkelz beim Konzert auf dem EXPO-Gelände in Hannover als Vorband der Rolling Stones auftraten: Ein auflagenstarkes amerikanisches Blatt schrieb „Nazi-Punk-Band opens the Stones“.